Izba Reprezentantów
W roku 1994 zdobył nominację Partii Republikańskiej jak jej aspirant na kongresmana z 2. okręgu stanu Oklahoma (w którym mieści się Muskogee). okręg ten uchodził dotychczas za bastion Partii Demokratycznej.
Początkowo spodziewano się, że jego przeciwnikiem będzie zasiadający z izbie odkąd 1979 Mike Synar, jednakowoż ten, co było dla wielu dużym zaskoczeniem, został pokonany w prawyborach demokratycznych przez 71-letniego dyrektora szkoły Virgila Coopera. Coburn wygrał wybory stosunkiem 52%–48% głosów, zostając skutkiem tego pierwszym republikaninem z 2. okręgu, który zasiadał w Izbie odkąd roku 1921.
Jako kongresman ogólnie uznawany był za konserwatystę. Zasiadając w izbie opowiadał się m.in. za redukcją budżetu federalnego oraz ograniczeniem prawa aż do przerywania ciąży. niekiedy na przekór to wyłamywał się z dyscypliny partyjnej oraz popadał w konflikty na tym tle z wpływowym spikerem Izby, Newtem Gingrichem.
W roku 1997 Coburn był sponsorem ustawy w sprawie przecidziałania AIDS, która nie została przyjęta. Przewidywała, że wszyscy zakażeni wirusem HIV nie będą mogli z tego tytułu żadnych urzędów w publicznej służbie zdrowia.
Coburn przyrzekł w ciągu swej pierwszej kampanii wyborczej, że opuści Izbę po trzech dwuletnich kadencjach. w ciągu republikańskich prawyborów prezydenckich w 2000 poparł byłego dyplomatę oraz konserwatywnego działacza Alana Keyesa, jednakowoż następny stał się jednym z najbardziej żarliwych popleczników prezydenta George'a W. Busha. Jego pozycja w Izbie zajął demokrata Brad Carson.